SSH指定校として理数教育を推進し、全員が6年間探究学習「小石川フィロソフィー」に取り組む。文理分けせず全教科を学び、第2外国語や特別選択講座を設置。海外研修や国際交流、研究者・卒業生との連携で学びを深める。